Современное состояние исследований биоразнообразия протистов

2015-11-05

Аналоги предлагаемой интегрированной информационной web-системы по биоразнообразию протистов в России и за рубежом не известны. Тщательный поиск в Интернете показал, что в настоящее время в мире существует порядка чуть более 50 баз данных по протистам (с иллюстрациями и текстовых). Из них более 70% посвящены паразитическим простейшим и водорослям. Свободноживущим гетеротрофным протистам (инфузориям, раковинным амебам, жгутиконосцам, солнечникам) уделено внимание не более чем в 15-20 базах данных в мире. При этом в большинстве случаев приводятся очень фрагментарные сведения, ни в одной базе данных не интегрирована информация по морфологическим, физиологическим, молекулярно-генетическим особенностям, географическому и биотопическому распределению видов, а также возможным вариантам использования их в практике человеческой деятельности. Чаще всего в базах данных приводится только название, систематическое положение вида, в некоторых случаях его иллюстрации. Базы данных по географическому распределению протистов как правило представляют собой изолированные на отдельных сайтах чек-листы находок видов в различных регионах мира.
Поиск в Интернете выявил 19 коллекций культур протистов, в 12 из них представлены почти исключительно водоросли. Web-сайты по некоторым их них чрезвычайно плохо разработаны или вообще в настоящее время не функционируют. Наиболее крупными в мире являются коллекции ATCC - American Type Culture Collection, США (http://www.lgcstandards-atcc.org/en.aspx) и CCAP - The Culture Collection of Algae and Protozoa, Великобритания (http://www.ccap.ac.uk/). На базе этих коллекций проводится плодотворная научная работа, однако интернет-сервисы данных коллекций ориентированы в первую очередь на коммерческое использование образцов: на сайтах приводятся доступные культуры, их коды, в некоторых случаях иллюстрации, параметры питательных сред, стоимость.
Среди протозоологических web-ресурсов наиболее разработан на наш взгляд сайт micro*scope (http://pinkava.asu.edu/starcentral/microscope/), основанный Девидом Паттерсоном, США (D.J. Patterson). На сайте представлены морфологические описания и качественные иллюстрации около 6000 видов протистов. При этом страницы по каждому виду связаны с крупными информационно поисковыми системами (Google, Wikipedia), крупнейшей молекулярной базой данных (GenBank NCBI), коллекциями культур протистов (ATCC, CCAP, CCCM).
Некоторые данные по морфологии, молекулярной филогении и распределению протистов присутствуют в крупнейших Интернет-базах по биоразнообразию всех живых организмов (http://tolweb.org/, www.catalogueoflife.org, http://eol.org/, http://data.gbif.org/, http:/www.e-taxonomy.net, http://www.marinespecies.org/, http://www.itis.gov/). Однако протистологические разделы в них пока еще слабо разработаны, заполнением контента нередко занимаются модераторы, не имеющие достаточных протистологических знаний, встречаются ошибки, устаревшая систематика, несоответствие иллюстративного материала, иногда таксономия рассматриваемых видов не соответствует современным молекулярным данным. Последние две проблемы можно было бы решить, получая информационный контент на основании исследования коллекций культур протистов. Руководитель предлагаемого проекта в настоящее время является куратором web-ресурса Encyclopedia of Life (http://eol.org/) по некоторым группам гетеротрофных жгутиконосцев, предоставляя разработчикам сайта актуальный и достоверный научный контент на основе наших исследований коллекции живых культур протистов ИБВВ РАН.
Единственный Российский сайт по протистам http://www.zin.ru/animalia/Protista/index.html в настоящее время не кликабелен (отображается только главная страница). При этом в предыдущие годы он содержал некоторый иллюстративный материал.
Предлагаемая к созданию web-система будет выгодно отличаться от мировых аналогов:
- степенью интегрированности контента (морфология, молекулярная филогения, экологическое распределение, практическое применение по каждому виду на одном сайте);
- достоверностью (первичные данные будут получены на основании изучения биологических коллекций с соблюдением единых стандартов);
- наличием блока библиографической информации с соответствующими ссылками для получения полнотекстового доступа к источникам;
- возможностью постоянного пополнения и редактирования контента пользователями web-ресурса и курирования информационного содержания контента узкими специалистами в своих группах протистов;
- возможностью создания персональных профилей пользователей на сайте (по аналогии с социальными сетями), обмена литературой, коллекциями культур, препаратами, информацией по текущим проектам и разработкам.
По мнению авторов проекта подобная web-система по протистам будет востребована в мире и в перспективе может быть интегрирована в глобальные web-системы по биоразнообразию всех живых организмов (такие, например, как Tree of Life, Catalogue of Life, Encyclopedia of Life, NCBI и др.).